376 articoli
Lo studio dimostra che l'adattamento di un retrotrasposone specifico del topo reindirizza l'uso degli isoformi della proteina ASH2L, generando una forma tronca nelle cellule staminali che prepara i promotori genici allo sviluppo embrionale e alla differenziazione dei motoneuroni.
Lo studio dimostra che le mutazioni di DDX3X associate al medulloblastoma conferiscono resistenza all'inibizione di TORC1 alterando la risposta traduzionale, permettendo alle cellule tumorali di bypassare i controlli di crescita tramite la traduzione selettiva di mRNA con 5' UTR non strutturati.
Questo articolo introduce il problema MASS, un approccio NP-difficile risolto tramite algoritmi esatti ed euristiche scalabili per riassumere gli ensemble di strutture secondarie dell'RNA identificando simultaneamente i motivi strutturali condivisi e raggruppando le strutture in cluster distinti.
Utilizzando un approccio strutturale integrato che combina criomicroscopia elettronica, spettrometria di massa e mappatura delle interazioni, lo studio rivela come il regolatore a doppio ruolo Cti6 e i fattori di trascrizione Ash1 e Ume6 si assemblino dinamicamente con il complesso Sin3, fornendo nuovi meccanismi strutturali e funzionali per comprendere il dialogo tra repressione e attivazione genica.
Gli autori hanno identificato 29 varianti genetiche severe associate al COVID-19 che modulano l'attività degli enhancer nelle cellule epiteliali polmonari, utilizzando saggi reporter paralleli massicci e modelli di deep learning per chiarire i loro meccanismi funzionali e le potenziali implicazioni terapeutiche.
Il paper presenta InvDNA, un metodo di deep learning end-to-end che progetta sequenze di DNA a singolo filamento partendo direttamente dalle coordinate atomiche dello scheletro, superando i limiti dei dati strutturali disponibili e ottenendo un recupero delle sequenze e un successo nel ripiegamento significativamente superiori rispetto agli approcci esistenti.
Lo studio rivela che l'espressione di Myc nelle cellule basali dell'epitelio delle vie aeree superiori è fondamentale non solo per la rigenerazione tissutale post-influenzale, ma anche per reclutare cellule immunitarie effettrici, posizionando così queste cellule come sentinelle epiteliali specializzate che coordinano la riparazione mucosa e la risposta immunitaria.
Questo studio applica un modello stocastico a dati di sequenziamento dell'RNA a singola cellula del progetto Tabula Muris Senis per quantificare l'accumulo di mutazioni di delezione del DNA mitocondriale nei muscoli di topo, rivelando che eventi mutazionali rari sono seguiti da una rapida espansione clonale che porta alla dominanza delle mutazioni in circa tre mesi.
Questo studio ha caratterizzato molecularmente i virus Chikungunya delle epidemie in Kenya dal 2017 al 2020, identificando la linea genetica dell'Oceano Indiano con mutazioni che aumentano la fitness vettoriale, evidenziando una trasmissione locale distinta tra Mombasa e Dadaab-Hagadera, e determinando che sintomi specifici come dolori muscolari, mal di testa e convulsioni sono predittori clinici significativi per la diagnosi differenziale rispetto ad altre febbri acute.
Lo studio rivela che l'aggiunta di un'appendice "Z" alla catena α5 del collagene IV, anziché causare la tipica patologia della membrana basale glomerulare, induce un ispessimento della capsula di Bowman dovuto a un'alterazione strutturale del scaffold α5α6-α1α2, evidenziando così un ruolo bioattivo specifico di questo scaffold nella capsula di Bowman.
Lo studio dimostra che la proteina Annexina A2 regola la funzione del surfattante polmonare durante la ventilazione lesiva, poiché la sua assenza nei topi compromette la capacità del surfattante di ridurre la tensione superficiale a causa della diminuzione del fosfolipide POPG, suggerendo un potenziale bersaglio terapeutico per la sindrome da distress respiratorio acuto.
Lo studio dimostra che la delezione delle roX RNA in cellule di Drosophila maschili compromette il complesso di compensazione del dosaggio, ma la vitalità viene salvaguardata attraverso una rapida evoluzione che porta all'acquisizione di cromosomi X aggiuntivi, ripristinando così il rapporto di espressione tra X e autosomi.
Lo studio dimostra che l'esposizione dei macrofagi alle proteine spike di SARS-CoV-1 e SARS-CoV-2 genera risposte immunitarie distinte e conservate tra le specie a seconda dell'orario di esposizione, guidate principalmente da cambiamenti metabolici e mitocondriali piuttosto che dall'attivazione immunitaria classica.
Questo studio dimostra che l'esposizione a PFOA e GenX induce tossicità e alterazioni specifiche per tipo cellulare nei pathway di segnalazione p53 e TGF-β, evidenziando differenze nei profili di risposta tra tessuti e un potenziale minore citotossicità del GenX rispetto al PFOA.
Il documento presenta due nuove piattaforme, scGOAT-seq e GlycoScope, che integrano l'accessibilità funzionale degli glicani nelle misurazioni multiomiche a singola cellula e spaziali, permettendo di identificare programmi di attivazione immunitaria specifici e di risolvere i programmi glicanici spaziali nel linfoma follicolare.
Lo studio dimostra che la GTPasi conservata Drg1 è essenziale per mantenere l'integrità mitocondriale regolando la traduzione citoplasmatica delle proteine mitocondriali direttamente alla membrana esterna dell'organello.
Lo studio dimostra che mutazioni oncogeniche nel dominio cromodominio di TIP60 ne compromettono allostericamente l'attività acetiltransferasica e l'assemblaggio trimerico, impedendo l'attivazione dei geni per la riparazione del DNA e favorendo l'instabilità genomica senza alterare il legame alla cromatina.
Utilizzando dati proteomici su atrio sinistro di capre, questo studio rivela che la fibrillazione atriale innesca un adattamento mitocondriale sistemico coordinato, in cui la proteina HSPA9 funge da hub regolatore centrale per la disregolazione dei complessi della catena respiratoria e la risposta allo stress proteico.
Questo studio rivela che la proteina Sfx, un omologo di H-NS codificato dal plasmide R6K, silenzia selettivamente il suo operone di trasferimento coniugale formando filamenti nucleoproteici stabili e subendo separazione di fase, un meccanismo che le permette di occupare una nicchia regolatoria distinta rispetto all'H-NS cromosomico.
Questo studio dimostra la fattibilità dell'uso di vivo-morfolino per il knockdown genico transitorio nello stickleback, ottenendo un'efficace riduzione dell'espressione del gene *Spi1b* nella milza, sebbene la variabilità nel metodo di somministrazione abbia limitato l'efficacia su altri geni target.